এই উপজেলার উত্তরে বালিয়াকান্দি উপজেলা ও রাজবাড়ী সদর উপজেলা, পূর্বে ফরিদপুর সদর উপজেলা ও বোয়ালমারী উপজেলা, দক্ষিণে বোয়ালমারী উপজেলা এবং পশ্চিমে মাগুরার শ্রীপুর উপজেলা।
প্রশাসনিক এলাকা:
মধুখালী উপজেলায় একটি মাত্র পৌরসভা রয়েছে-
এক নজরে মধুখালী পৌরসভা
১। স্থাপিতঃ ২৬ শে আশ্বিন ১৪১৯ বঙ্গাব্দ, ১১ ই অক্টোবর ২০১২ সাল
২। আয়তনঃ ১২ বর্গ কি.মি.
৩। জনসংখ্যাঃ ২৪,০৩২ জন (পুরুষ- ১২,০৪৯, মহিলা- ১১,৯৮৩)
৪। ওয়ার্ডঃ ৯টি
৫। মহল্লাঃ ১৬টি
মধুখালী উপজেলায় রয়েছে ১১ টি ইউনিয়ন:
মধুখালী উপজেলায় অনেকগুলো নদী আছে। সেগুলো হচ্ছে গড়াই নদী, মধুমতি নদী, কুমার নদী (ফরিদপুর-গোপালগঞ্জ), চন্দনা-বারাশিয়া নদী এবং পরুষালী নদী।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস